研究方向：研究方向为生物信息学、生物大数据挖掘、以及相关方法在微生物组学研究中的应用。研究重点包括：（1）创新性的微生物组学实验和数据分析，（2）微生物组学数据库系统的开发，（3）基于微生物组学大数据的群落宏基因组信息挖掘，（4）单细胞数据分析方法开发和应用，（5）蛋白组和调控网络等数据分析，（6）大数据分析算法和高性能计算等。作为负责人承担多项国家级科研项目，包括国家科技部十二五863课题，863子课题，国家自然科学基金委面上项目和青年项目、国家自然科学基金委中德中心合作项目等。已在Bioinformatics、Plant Cell、PloS Genetics、Journal of Proteome Research、Scientific Reports等高水平学术期刊发表学术论文50余篇，被引超过1000次。获得软件著作权6项（同时正在受理2项），获得发明专利受理5项。2015年率队获"国际遗传工程的机器设计竞赛"(iGEM) 金奖。
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